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L’eau, en Guyane comme ailleurs, est répartie en différents "réservoirs", qui forment ce que l’on nomme les "Masses d’eau". Il existe cinq types de masses d’eau.

Telle que définie dans la Directive Cadre Européenne sur l’Eau, une masse d’eau est un lac, un réservoir, tout ou une partie de rivière, de fleuve ou de canal ou bien encore le volume d’eau souterraine contenu dans un ou plusieurs aquifères. On distingue de fait les masses d’eau de surface des masses d’eau souterraines. Parmi les masses d’eau de surface, sont distinguées les eaux douces (masses d’eau de surface continentale) des masses d’eau littorale, présentant une salinité plus ou moins marquée.
Les masses d’eau de surface sont classées en trois catégories :
Lors de la phase d’identification des masses d’eau, celles-ci sont sélectionnées en considérant une taille significative et des caractéristiques physiques, biologiques et/ou physico-chimiques homogènes. Ces masses d’eau vont jouer un rôle essentiel dans la mesure où les objectifs de résultat à atteindre pour les eaux de surface et les eaux souterraines du bassin sont définis par rapport à elles.